在都市内出现了连续女姓被杀事件。经警察调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰…… 风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品，但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌，并且与“财团”的超级改造战士·豪岛展开生死战！我决定就在这里吸收这些火晶石的能量，等完全吸收了这些火晶石的元力，我才出去，你们如果在这里待腻了，可以先到外面去，无论是在近处找个酒店等我，还是回我在中央区的房子里等都行。总之，不吸收完这些火晶石的能量，我是不会出去的。
